Krisyanizasyon Yaquis yo te sa ki pèmèt relijye yo gaye nan 1609, penetre teritwa Sonora.
Pandan Koloni an, Sonora te koresponn sèlman ak pant Sierra Madre Occidental nan limit antite sa a. Rejyon an ki te kouri nan nò soti nan larivyè Lefrat la Yaqui, ki gen ladan Real de la Cieneguilla a, yo te rele Pimería Baja ak rejyon an nò soti nan ki Imobilye nan larivyè Lefrat la Colorado - deja nan aktyèl eta a Nò Ameriken nan Arizona - yo te rele Pimería Alta.
Teritwa Sonoran aktyèl la gen ladan tou yon ti rejyon nan sidwès la nan sa ki te Lè sa a, li te ye tankou Pimería, ki chita nan eta a nan Chihuahua ak Ostimuri, yon kote ki sitiye sou kot yo nan Gòlf la nan California, ant Mayo ak Yaqui rivyè yo.
Nan 1614 misyonè yo Pérez de Rivas ak Pedro Méndez Christianized Mayans yo nan zòn nan Ostimuri, divize misyon an nan twa Distri: Santa Cruz (nan bouch Mayo a), Navojoa ak Tesia.
Tepahues yo te enkòpore ansanm ak Cornicaris yo nan 1620. Papa Miguel Godínez te fonde misyon yo nan San Andrés de Cornicari ak Asunción de Tepahui . Menm ane sa a te fonde Rektora San Ignacio a, ki gen ladan, nan adisyon a senk misyon ki deja mansyone yo, sa yo ki nan Bacúm, Torín ak Rahún, ki chita nan bouch Yaqui la.
Nan 1617 Yaquis yo te konvèti pa paran Pérez de Rivas ak Tomás Basilio. Malgre soulèvman soulèvman, revòlt, touman, ak omisid, konvèsyon an nan Sonora te pi vit ak pi an sekirite. Pa 17yèm syèk la, Jezuit yo te elaji e te fonde misyon Maycoba ak Yecora nan pati sidwès sa yo te konnen kòm Chínipas.
Misyon yo soti nan larivyè Lefrat la Yaqui nan nò a te divize an kat Rectorory: sa yo ki an San Borja gwoupe misyon yo nan: Cucumaripa ak Tecoripa , te fonde an 1619; Movas ak Onovas, nan 1622; Sahuaripa nan 1627; Matape nan 1629; Onapa nan 1677 ak Arivechi , nan 1727. Rectorate a nan twa Sentespri mati yo nan Japon ki gen ladan Batuco te fonde an 1627, Oposura nan 1640 ak Bacadeguachi , Guazavas , Santa María Baceraca ak San Miguel Bavispe , te fonde an 1645. Ak Rectorat la nan San Javier ki entegre misyon yo nan Ures nan 1636; Aconchi, Opodepe ak Banámichi nan 1639; Cucurpe ak Arizpe nan 1648, ak Cuaquiárachi nan 1655.
Nan 1687 misyonè Eusebio Francisco Kino a te antre nan Pimería Alta e li te kòmanse misyon Rektora Nuestra Señora de los Dolores, fondatè: Caborca, kote Francisco Javier Saeta te asiyen ki kenbe korespondans ak sipò espirityèl li, papa a Kino; Atil, Tubutama, Our Lady of Sorrows de Saric, Pitiquito, Aiil, Oquitoa, Magdalena, San Ignacio, Cocóspera ak Imuris.
Aprè ekspilsyon Jezuit yo, misyon yo te kite pou fransiskan yo, ki pa t bati plis ankò epi sèlman te limite pou eseye prezève sa ki deja egziste yo. Yon fwa ke Jezuit yo te deja etabli koloni nan Sinaloa ak Sonora, yo vire je yo sou teritwa Kalifòni an.
